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一價格昂貴，會造成不必要的浪費核磁共振的檢查儀器設備全套買下來很有可能要大幾百萬，做一次檢查要1千以上，但該檢查是按照檢查的部位收費的，若進行全面檢查，那真不是一個小數目，對于收入平庸的家庭來說價格上接受有。

它的空間分辨率不及CT，帶有心臟起搏器的患者或有某些金屬異物的部位不能作MRI的檢查，另外價格比較昂貴核磁共振技術的歷史1930年代，物理學家伊西多·拉比發現在磁場中的原子核會沿磁場方向呈正向或反向有序平行排列，而施加無線電波之后。

CT，立體定向放射裝置γ刀χ刀心臟及血管造影X線機含數字減影設備核磁共振成像裝置MEI單光子發射電子計算機掃描裝置SPECT彩色多普勒儀醫療直線加速器等大型醫療設備進行的檢查治療項目。