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首都兒科研究所的前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以醫學基礎研究兒科疾病發病機理研究兒童保健為重點，承擔有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構研究所于1983年劃歸北京市，隸屬北京市。

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